Розглянуто фізичні механізми, які є підгрунтям колективної дифузійної динаміки білків і мембранно-пептидних комплексів. Досліджено колективну дифузійну динаміку таких об'єктів, як калієвий іонний канал KcsA, бактеріальні періплазматичні транспортні білки, кальмодулін, тирозил-тРНК синтаза людини та комплекси пептидів, що проникають у клітину, з ліпідними мембранами. Створено нові теоретичні й обчислювальні методи для дослідження різних аспектів колективної дифузійної динаміки білків і мембранно-пептидних комплексів. Розв'язано супутню теоретично-фізичну задачу однорядної багаточастинкової дифузії у вузьких порах, яку застосовано до пор іонних каналів. Вперше досліджено трансмембранну дифузію пептидів, що проникають у клітинну, методами нерівноважної молекулярної динаміки. Розроблено модель води, що поляризується, для популярного грубозернистого силового поля MARTINI. Вперше створено загальну теорію багаточастинкової однорядної дифузії у вузьких порах іонних каналів і запропоновано концепцію суперіонів. Концепцію динамічної самоорганізації вперше поєднано з даними про будову та колективну динаміку реального іонного каналу KcsA. Створено концепцію динамічних доменів у білках і методи їх ідентифікації. На основі властивостей динамічних доменів виявлено ряд білків, що є кандидатами для створення біосенсорів.

  Завантажити