Обстоюється точка зору, згідно з якою неординарні фізико-хімічні властивості кристалів азотистих основ (невпорядкованість сухої решітки, яка суттєво знижується при зволожуванні та дейтеруванні, температурні аномалії діелектричної проникності та тангенса кута втрат, наявність дефектів - пасток носіїв заряду, порушення правил відбору в поляризованих коливальних спектрах тощо) зумовлені стереохімічною нежорсткістю самих основ. Кристали азотистих основ, що мають аміногрупу, та їхні кристалогідрати є, по суті, Ян-Теллерівськими кристалами з усіма фізико-хімічними наслідками,що з цього випливають. Це дозволяє пояснити мікроструктурне походження пропелерової конфігурації шарового пакування азотистих основ з аміногрупою у кристалічному стані підвищенням енергії інверсії аміногрупи до величини, що перевищує кТ, при переході з вільного стану у кристалічний за рахунок порушення p pi-спряження та наявністю специфічних електростатичних контактів вільної електронної пари амінного атома азоту з атомами водню чи вуглецю, що несуть на собі позитивний заряд, з верхнього або нижнього шару молекул. Аналогічні причини лежать в основі пропелерової конфігурації Уотсон-Криківських пар ДНК. Наводиться оцінка інверсної енергетики азотистих основ з аміногрупою для кристалічного стану, а також для ДНК.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж22412/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Оптимізовані структури цитидину, уридину і тимідину, їхніх дезоксирибо-аналогів та деяких О5'-, О3'-депротонованих похідних отримані за допомогою напівемпіричного квантовохімічного методу MNDO/H. Виявлено сітки внутрішньомолекулярних водневих зв'язків піримідинових нуклеозидів та вивчено їхній вплив на стереохімічну структуру молекул (зокрема, на стабільність anti-конформації), фізико-хімічні параметри (теплоту утворення, дипольний момент, потенціал іонізації та розподіл зарядів), а також на динамічні характеристики піримідинових нуклеозидів (бар'єри інтерконверсії, частоти торсійних коливань). Обговорюється присутність внутрішньомолекулярних водневих зв'язків у полінуклеотидах та їхнє значення у формуванні структури та нелінійної динаміки нуклеїнових кислот.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж22412/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*440

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж22412/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж22412/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Встановлено найбільш загальні фізико-хімічні механізми білково-нуклеїнового та нуклеїново-нуклеїнового впізнавання. Розширено уявлення про структурно-динамічні й енергетичні властивості нуклеотидних основ та їх стекінг. Визначено, що основи нуклеїнових кислот (НК), як і самі НК, унікально поєднують у собі цілу низку взаємопов'язаних форм структурної мінливості - прототропну таутомерію, структурну нежорсткість, геометричну ізомерію, здатність приєднувати або відщеплювати протон, спонтанно дезамінуватися й окислюватися тощо. Розроблено моделі спонтанних напіврозкритих станів ДНК та її передплавлення, далекодії в ДНК та її просторової викривленості, генотоксичного впливу на неї УФ-опромінення, кооперативності. Встановлено основні мікроструктурні чинники структурно-динамічної гетерогенності ДНК. Представлено низькочастотні Раманівські спектри компонентів НК, що послідовно ускладнюються, та співкристалізатів типу "основа - похідна амінокислоти". Підтверджено класичну модель Малєєва низькочастотної рухомості ДНК. Досліджено енергетику і кооперативні властивості Н-зв'язків у кристалах і співкристалізатах основ ДНК.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.10

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж22412/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.711-3

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.2

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж22412/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.72

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*551.231.4-634

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж22412/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Г511.3

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Квантово-химические расчеты (MNDO/H) энергетических характеристик комплексов ряда прототропных таутомеров изогуанина (іsoGua) с уксусной кислотой и ее карбоксилат-ионом, которые моделируют нейтральную и депротонованную формы карбоксильной группы аспарагиновой и глутаминовой аминокислот, демонстрируют способность последнего индуцировать в основании таутомерный переход N9H -> N7H, характерный и для других пуриновых оснований. В отличие от карбоксилат-иона, нейтральная карбоксильная группа образует самый стабильный комплекс с основной таутомерной формой іsoGua N3HN9H.

Зазначено, що першою стадією реакції поліаденілування про-мРНК еукаріотів є специфічне розщеплення транскрипта, що здійснюється комплексом білків, складених з багатьох субодиниць. Основний компонент цієї реакції - ендонуклеазу - ще й досі не виявлено. Проте відомо, що поліпептиди CPSF-30 (ссавці) та Yth 1p (дріжджі) є гомологами білка clipper (CLP) дрозофіли, який має ендонуклеолітичну активність. Усі три білки містять у N-кінцевій частині п'ять висококонсервативних доменів - "цинкові пальці", з якими у випадку CLP пов'язана нуклеолітична активність. Проаналізовано літературні дані про вищезазначені білки. Доведено, що результати наведених робіт не суперечать гіпотезі про те, що саме CPSF-30 та його гомологи є тими нуклеазами, які розщеплюють про-мРНК у процесі поліаденілування.

Проаналізовано новітню літературу стосовно координації процесів термінації транскрипції та поліаденілювання. Запропоновано модель спряження цих процесів, яка узагальнює існуючі уявлення. Ефективна термінація транскрипції здійснюється за одночасної взаємодії РНК полімерази (Пол II) сигнальним елементом ДНК (термінатором або енгансером) і з сайтом поліаденілювання транскрипта. Контакт Пол II з про-мРНК здійснюється за допомогою унікального C-кінцевого домену найбільшої субодиниці ферменту. З цим доменом асоційовані фактори розщеплення. Пол II є істотним кофактором реакції розщеплення. Механізм впливу цієї реакції на термінацію транскрипції невідомий, але вона супроводжується деградацією 3'-кінцевої частини транскрипта. Звільнення Пол II від РНК спричинює дестабілізацію асоціації ферменту з дволанцюговою частиною ДНК, розташованою безпосередньо за розплетеною ділянкою, що транскрибується. Це призводить до відокремлення Пол II від матриці.

Напівемпіричними квантово-хімічними розрахунками (АМ1) вперше встановлено, що одноразове протонування основ ДНК, яке не заважає їх Вотсон-Криківському спарюванню, суттєво змінює в той чи інший бік (залежно від його місця) прототропну таутомерну рівновагу останніх. Так, протонування атомів N3 Ade, O6 і N7 Gua, O2 Cyt і O4 Thy стабілізує канонічну таутомерну форму; високоенергетичні неканонічні таутомери - імінний Ade та енольні Gua і Thy - стабілізуються протонуванням атомів N7 Ade, N3 Gua й O2 Thy. Припущено, що фіксація канонічних таутомерів основ ДНК вибірковим протонуванням бічними залишками лізину, аргініну та гістидину може використовуватися ДНК-полімеразою для мінімізації спонтанних помилок біосинтезу ДНК, спричинених прототропною таутомерією основ, на стадії, що передує їх спарюванню в центрі розпізнавання правильних пар полімерази.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.712в734.5

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е50*725.112.2

Рубрики:

Загальна ботаніка

Шифр НБУВ: Ж21341/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

By ab initio calculations on the theoretical level MP2/6-31G(d,p)//HF/6-31G(d,p), it is established that the point contact of imidazole, a model side residue of His, with each of the nucleotide bases, that doesn't interfere with their Watson-Crick pairing, decreases the probability of basis stay in the non-canonical tautomeric form more than two times. We suppose that this mechanism is used by DNA polymerase to minimize the level of spontaneous mistakes in the biosynthesis of DNA caused by prototropic tautomerism of nucleotide bases.