Бактерії є мікро- і наноорганізмами, які колонізують простір рослинного організму і укладають різні види взаємодій - патогенні, мутуалістичні і симбіотичні. Присутність цих екзо- та ендосимбіонтів може впливати на фізіологію рослини-господаря. Непатогенні бактерії здатні посилювати у рослин функції захисту від фітопатогенів і шкідників, а також опірність дії абіотичних стресорів. Ендофіти перешкоджають шкідливим ефектам довкілля на фотосистемы рослин. Ймовірні механізми подібного впливу обговорюються у даній статті.