Запропоновано й науково обгрунтовано основні положення управління корпоративною трансформацією залізничного транспорту, яка об'єднує визначення раціональної моделі реформування залізничної галузі та побудову її організаційної структури управління. Досліджено переваги та недоліки п'яти альтернативних моделей реформування залізничного транспорту та порівняно їх між собою за багатофакторним критерієм. За результатами досліджень встановлено, що найкращою для України є інтеграційна модель реформування, за якою інфраструктура залізниць та процес вантажних і пасажирських перевезень об'єднані в одній організаційній структурі - юридичній особі - Державній акціонерній компанії "Українські залізниці". Зазначено, що після сталої роботи окремих дочірніх підприємств і товариств з обмеженою відповідальністю інтеграційну модель доцільно трансформувати в холдингову компанію. Для вибраної за економічним критерієм інтеграційної моделі реформування розроблено теоретико-методичні підходи до побудови організаційної структури управління підприємствами залізничного транспорту.