Чотирьохлітерний текст ДНК записано у вигляді суцільного ланцюга Маркова, і він є слабкозалежною послідовністю. В результаті статистичного аналізу перехідних ймовірностей виявлено, що ланцюг є ергодичним. Звідси випливає ряд важливих особливостей генома.

Запропоновано простий метод визначення константи взаємозв'язку кручення та розтягу молекули ДНК за допомогою її моделі у вигляді двох гвинтових циліндричних пружин. Одержані результати добре узгоджуються з одержаними раніше оцінками цієї величини.

Розглянуто різні типи молекулярно-генетичних маркерів поліморфізму ділянок ДНК, їх переваги та недоліки, спектри завдань, що вирішуються за їх допомогою. Особливу увагу приділено методам виявлення поліморфізму з використанням послідовностей ретротранспозонів. Вони складають основну частину геномної ДНК еукаріот і виявляються в усіх хромосомах. Ці методи є розвитком відомих методів - RAPD, ISSR і AFLP. Методи IRAP і REMAP дозволили спростити дослідження та зробити ретротранспозони реальними інструментами в генетичному аналізі. Показано, що методи, засновані на аналізі послідовностей, що несуть ретротранспозони, є ефективними інструментами в дослідженні генетичного поліморфізму рослин і тварин.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1в73 + Р562.9-29

Рубрики:

Загальна біологія

Інші види пухлин

Шифр НБУВ: Ж26988 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Досліджено коливальну динаміку молекули ДНК з протиіонами, що нейтралізують заряди на фосфатних групах. За допомогою розвинутого підходу для описання конформаційних коливань макромолекули ДНК з іонами розглянуто коливальну динаміку подвійної спіралі з іонами лужних металів на якісному та кількісному рівнях. Знайдено нормальні моди комплексів Li-, Na-, K-, Rb- і Cs-ДНК і визначено моду, що характеризується сильними зміщеннями іонів по відношенню до остова ДНК. Показано, що частота іонних коливань зменшується з збільшенням маси іона. Результати теоретичних розрахунків корелюють з експериментальними даними комбінаційного розсіяння світла.

Запропоновано геометричний підхід для обчислення потенціалу Ван дер Ваальса (Van der Waals) за умов взаємодії незв'язаних молекул і кутів кручення суперспірального стану ДНК. Припускають взяти суперспіральну узгодженість так, що спіральний поворот окремого пристрою ДНК знову робить спіральне обернення навколо головної прямої подовженої осі ДНК. Складні структурні зміни під час такої деформації проаналізовано щохвилинно ретельними геометричними розрахунками. Визначенням змін у комірках основних молекул, які представлені атомами як молекулярними блоками, обчислено потенціали Ван дер Ваальса між двома вказівними атомами на двох суміжних спіралях пристрою та між вказівними атомами у визначеній комірці на спіралі пристрою. Для механізму крутої структурної зміни суперспіралі представлено Солітон теорію для передачі зміщень положень атома у молекулах. Представлений метод можна використовувати в ході розробки для пророкування властивої потенціальної енергії та механічної сили для створення закручування при суперобертанні ДНК під час генетичних інформаційних відповідей.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1в647 + Е0*725.111.3в647

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж26990 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж26990 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж60216 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Встановлено нові комплементарні закономірності щодо запису основ у одному ланцюзі ДНК. Одержані результати істотно доповнюють сучасні уявлення стосовно запису генетичної інформації в ДНК. Проведено статистичний аналіз більш як 40-ка геномів, у тому числі близько 30-ти геномів бактерій.

В диапазоне 7,6 мм проведены измерения комплексной диэлектрической проницаемости растворов ДНК, кофеина и комплекса ДНК - кофеин. Показано, что процесс комплексообразования сопровождается изменением диэлектрических свойств раствора. Рассчитана степень гидратации (число молекул воды в пересчете на одну молекулу лиганда или один нуклеотид) для всех изученных веществ. Установлено, что для кофеина эта величина равна 3, для ДНК составляет 16, а для комплекса ДНК - кофеин - 14. Для всех образцов рассчитаны значения релаксационной длины волны. Гамма облучение комплекса приводит к некоторому увеличению количества связанной воды в растворе. Показано, что этот эффект может быть обусловлен ростом гидратации кофеина. Одновременно методом гель-электрофореза установлено, что степень полимерности облученного комплекса почти не отличается от степени полимерности нативного образца. Полученные результаты указывают на радиопротекторные свойства кофеина.

Ключ. слова: ДНК, ионы, низкочастотный спектр, колебания, частота, амплитуда
Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1*713

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж29137 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Для изучения механизма релаксации изгибной деформации ДНК типа кинк (излом) проведено моделирование молекулярной динамики и сравнительный анализ структуры ДНК из комплекса с пуриновым репрессором и структуры свободной В-ДНК. Рассмотрена временная эволюция как параметров, описывающих структуру ДНК на уровне динуклеотидного контакта, так и параметров, описывающих структуру дуплекса ДНК в целом. Показано, что релаксация кинка димерного контакта происходит скачкообразно на начальных стадиях динамики. В тоже время, такая релаксация кинка сопровождается перераспределением изгиба между несколькими соседними контактами и дуплекс в целом остается изогнутым. Полная релаксация дуплекса происходит плавно и занимает значительно больший временной интервал. Таким образом, полученные результаты позволяют сделать вывод о наличии разных уровней структурной релаксации дуплекса ДНК, которые характеризуются различными временными шкалами.

Ключ. слова: ДНК, БСА (бичачий сироватковий альбумін), одностінні вуглецеві нанотрубки, SEIRA (Surface Enhanced Infrared Absorption - підсилення інфрачервоного поглинання металевою поверхнею)
Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1-641.9:Г124 + Е0*725.111.3-641.9:Г124 + Г124.1-18

Рубрики:

Загальна біологія

Вуглець

Шифр НБУВ: Ж24835 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Установлены новые комплементарные закономерности по записи генетической информации в геноме человека и других исследованных геномов. Частоты комплементарных букв (азотистых оснований) в одной цепи ДНК совпадают между собой для всех хромосом исследованных геномов, т.е. закономерность, аналогичная правилу Чаргаффа (и принципу комплементарности Уотсона - Крика), выполняется не только для двухцепочечной ДНК, но и для каждой отдельной нити. Полученные результаты дополнят современные представления относительно записи генетической информации в ДНК, а также прохождения таких важных процессов, как репликация ДНК и образование компактной формы укладки хромосом в ядрах клеток организма и т. д.

Ключ. слова: ДНК, ионы Cu"2+, ИК-спектроскопия, УФ-спектроскопия, компактизация ДНК, плавление ДНК
Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1-641.1в734.5

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж29137 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж29137 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Ключ. слова: Раман спектроскопия, спектрофотометрия, производное актиноцина ActIII, полирибоцитидиловая кислота poly(C) - poly(C+), двуспиральная структура, комплексообразование, агрегаты
Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1-642в73

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж29137 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Обгрунтовано механізм макроскопічної деформації згину ланцюжка макромолекули типу ДНК за рахунок конформаційних перетворень (КП) структури подвійної спіралі. В межах двокомпонентної нелінійної моделі КП ДНК знайдено форму деформованого фрагмента та енергію утворення деформації. Оцінка енергії та величини деформації згину показує, що індукована конформаційними змінами деформація ДНК є енергетично вигідною в порівнянні з пружним механізмом згинання. Зіставлення результатів теорії з експериментом для аномального згинання фрагмента ТАТА-бокса ДНК говорить про можливість реалізації механізму внутрішньо індукованої деформації для фрагментів ДНК певної послідовності.

Вивчено друге правило Чаргаффа, яке встановлює відповідність між кількостями комплементарних нуклеотидів та олігонуклеотидів в одній нитці ДНК цілої хромосоми чи будь-якої достатньо довгої її ділянки. Проведено огляд існуючих даних щодо виконання цього правила в різних геномах; розглянуто гіпотези, що вказують на деякі можливі механізми появи цієї закономірності. Для ряду хромосом, в яких не виконується друге правило Чаргаффа, описано результати комп'ютерного моделювання, проведеного з метою перевірки впливу на частоти нуклеотидів і динуклеотидів численних інверсій ділянок хромосоми.