Образование геологического (абиогенного) водорода в недрах связывают с двумя группами гипотез: формирование вторичного водорода в земной коре и верхней мантии в результате его выделения из воды и некоторых минералов; выход первичного водорода из ядра и нижней мантии, накопленного в недрах при аккреции планеты. В связи с отсутствием прямого доступа к значительным глубинам Земли доказать правомерность существования первичного водорода в глубоких недрах очень сложно. Единство процессов в геосферах косвенно подтверждается представлением о Земле как о единой открытой саморазвивающейся системе с выделением тепловой энергии во всех ее геосферах, включая ядро. В этой системе существует сквозьгеосферный тепломассоперенос, что хорошо согласуется с представлениями о плюмтектонике. Дополнительным подтверждением генерации тепловой энергии на больших глубинах могут быть эксперименты с геонейтрино и проявления дегазации трития из жерл некоторых вулканов и глубинных слоев вулканических озер. О периодическом мощном выходе глубинного водорода из недр свидетельствуют результаты исследований В. Л. Сывороткина, А. Джилата и А. Вола, А. Ю. Ретеюма и др. Согласно результатам исследований состояния и изменения минеральной среды, а также условий образования глубинных нефтегазовых и рудных месторождений, алмазов, решающим в их формировании было влияние восстановляемых флюидов. Находки самородных металлов, в том числе алюминия, во вмещающих породах прямо указывают на обстановку восстановленой существенно водородной среды в период их образования. Первые термодинамические расчеты подтвердили возможность влияния первичного водорода на оливин с последующим образованием воды и серпентина. Попытки определения общего водородного потенциала в нефтегазодобывающих бассейнах на примере углеводородных ресурсов Днепровско-Донецкой впадины свидетельствуют, с одной стороны, о значительном ресурсном потенциале водорода, а с другой - о большом резерве неразведанных запасов углеводородов, о целесообразности совместных поисковых работ на углеводороды и водород. В связи с отсутствием полного доказательства гипотезы о первичном водороде и вследствие неопределенности особенностей его возможной дегазации поиски месторождений водорода следует проводить в зонах разломов, которые могут обеспечивать восходящее транспортирование значительных объемов водорода в соответствии с любой группой упомянутых выше гипотез. Это должны быть мощные глубинные разломы, к которым тяготеют соответствующие резервуары для промежуточного накопления водорода, перекрываемые слабопроницаемыми пластами, способными замедлить восходящую дегазацию водорода.