Мета статті - надати актуальну на сьогоднішній день таксономічну класифікацію порядку Chlamydiales та детально роз'яснити терміни: "Chlamydia-related bacteria (CRB)" (хламідієспоріднені бактерії), "Chlamydia-like organisms (CLO)" (хламідієподібні організми), "environmental chlamydiae" (екологічні хламідії, хламідії довкілля). Використано такі методи дослідження: системний аналіз доступних наукових джерел, історичний метод (для вивчення виникнення, формування та розвитку таксономії хламідійних видів у хронологічній послідовності), емпіричний метод (щодо комплексної оцінки сучасного стану об'єкта дослідження), абстрактно-логічний - для уточнення суті основних понять та графічне відображення даних. Внаслідок розвитку молекулярної біології за останні 15 років класифікація хламідій зазнала істотних змін і має тенденцію до подальшого вдосконалення. Узагальнено історичний досвід і найбільш важливі зміни в таксономії порядку Chlamydiales за останні роки. Ускладнення сучасної класифікації бактерій порядку Chlamydiales свідчить про накопичені знання щодо нових представників цієї групи мікроорганізмів. На сьогодні до порядку Chlamydiales входять 9 родин: Chlamydiaceae, Waddliaceae, Parachlamydiaceae, Criblamydiaceae, Simkaniaceae, Candidatus Clavochlamydiaceae, Candidatus Rhabdochlamydiaceae, Candidatus Piscichlamydia, Candidatus Parilichlamydiaceae, чотири з яких перебувають у статусі кандидатів. До родини Chlamydiaceae, роду Chlamydia тепер належать 14 видів бактерій (Chlamydia abortus, Chlamydia avium, Chlamydia caviae, Chlamydia felis, Chlamydia gallinacea, Chlamydia muridarum, Chlamydia pecorum, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia psittaci, Chlamydia suis, Chlamydia trachomatis, Candidatus Chlamydia ibidis, Candidatus Chlamydia sanzinia, Candidatus Chlamydia corallus), три з яких перебувають у статусі кандидатів. Родини: Waddliaceae, Parachlamydiaceae, Criblamydiaceae, Simkaniaceae, Ca. Clavochlamydiaceae, Ca. Rhabdochlamydiaceae, Ca. Piscichlamydia, Ca. Parilichlamydiaceae з їх численними представниками називають хламідієспорідненими бактеріями, або хламідієподібними організмами, через їх генетичну і фенотипову подібність та філогенетичну відокремленість від родини Chlamydiaceae. Представлено актуальну таксономічну класифікацію порядку Chlamydiales та надано детально роз'яснено терміни: "Chlamydia-related bacteria (CRB)" (хламідієспоріднені бактерії,) "Chlamydia-like organisms (CLO)" (хламідієподібні організми), "environmental chlamydiae" (екологічні хламідії, хламідії довкілля). Надана інформація може бути використана в наукових дослідженнях, впроваджена в навчальний процес при підготовці спеціалістів у галузі ветеринарної медицини, а також використовуватися практикуючими лікарями ветеринарної медицини задля покращення лікування та профілактики хламідіозів тварин та людини.

Узагальнено результати експериментальних досліджень та одержано нові дані щодо бактерій порядку Chlamydiales. Розроблено тести на основі ПЛР для індикації та видового диференціювання бактерій Waddlia chondrophila, Parachlamydia acanthamoebae, Candidatus Piscichlamydia salmonis, Candidatus Clavochlamydia salmonicola, які є найбільш небезпечними для свійських тварин і промислових видів риб України, а також ПЛР для одночасного виявлення збудників епітеліоцистозу (Candidatus Piscichlamydia salmonis та Candidatus Clavochlamydia salmonicola), які демонструють високу точність і специфічність (близько 100 %), аналітичну чутливість (98,95 - 99,95 %), діагностичні ефективність (99,3 - 99,8 %) і цінність (83,00 - 96,43 %), і можуть використовуватися для діагностики хламідіозів, спричинених хламідієспорідненими бактеріями. Розробленими методиками вперше в Україні у клінічних зразках від великої рогатої худоби з підозрою на хламідійну інфекцію виявлено ДНК хламідієподібних бактерій Waddlia chondrophila (44 %) та Parachlamydia acanthamoebae (14,3 %), від пструга струмкового - Candidatus Piscichlamydia salmonis (13,8 %) і Candidatus Clavochlamydia salmonicola (2,5 %), від свиней із підозрою на хламідійну інфекцію вперше у світі - Waddlia chondrophila (28,6 %).

Розроблено ПЛР-методики для ідентифікації та видової диференціації бактерій роду Chlamydia. Для цього проведено біоінформатичні дослідження шляхом вирівнювання первинних нуклеотидних послідовностей генів, що кодують 16S rRNA, RNase P RNA та МОМР. Вивчено рівень гомології та варіабельності нуклеотидних послідовностей ДНК трьох означених генів. Проведено порівняльний, філогенетичний, згрупований та загальний аналіз генів. Сконструйовано, для кожного з 10 видів хламідій, дизайн олігонуклеотидних праймерів на специфічні ділянки гена, що кодує МОМР. Дослідно-практичним шляхом відпрацьовано співвідношення реакційної суміші та режиму ампліфікації праймерних систем до отримання чітких смуг заданого розміру на електрофореграмах зразків контрольних ДНК бактерій роду Chlamydia. Розроблені 10 ПЛР-методик індикації та видової диференціації хламідій пройшли випробування на аналітичну специфічність і чутливість, а також валідацію з методиками, що лежить в основі 7 інших ПЛР тест-систем для діагностики хламідійних інфекцій. При цьому досліджено 35 зразків біологічного матеріалу, а саме: 11 зразків контрольних ДНК, 18 зразків ДНК хламідій, виділених з біологічного матеріалу від свійських тварин, 3 зразки ДНК від лептоспір і 3 зразки ДНК від бабезій. Розроблено два алгоритми застосування діагностичних ПЛР-методик. Проведено епізоотологічний скринінг хламідіозної інфекції у господарствах різних районів Полтавської області та встановлено видову циркуляцію хламідій серед ВРХ та свиней. Таким чином, проведені дослідження дали змогу сконструювати досить чутливі, аналітично-специфічні методики ідентифікації кожного з 10 видів бактерій роду Chlamydia у ПЛР.