Досліджено структурно-функціональні характеристики угруповань макрозообентосу та видового різноманіття придунайських водойм, з'ясовано їх роль у процесах мінералізації та трансформації органічних речовин, наведено оцінку екологічного стану та біопродукційного потенціалу у сучасний період. Виявлено, що у порівнянні з 50-ми роками минулого сторіччя більш ніж на половину скоротилися показники видового багатства донних ценозів. Встановлено, що відбулося спрощення структури, в основному за рахунок зменшення представництва реліктових видів понто-каспійського фауністичного комплексу і збільшення частки типово озерних груп донних безхребетних - малощетинкових червів і личинок хірономід. Виявлено, що відбулася заміна домінуючого ценозу Monodacna на ценоз Dreissena. Встановлено, що в цілому екосистеми придунайських водойм знаходяться у теперішній час у пригніченому стані і втрачають свою екотонну функцію. Визначено, що основною причиною зниження числа видів і представленості форм донної фауни придунайських озер - лиманів є збільшення об'ємів надходження у водойми органічних речовин, різних забруднюючих і токсичних інгредієнтів з площі водозбору. Встановлено, що зниження водообміну з Дунаєм також призводить до порушення на екосистемному рівні структурно-функціональних характеристик, які формуються під впливом водного екотону типу "ріка - озеро - ріка".