В обзоре изложены современные представления о процессе образования 3'-концов мРНК позвоночных: охарактеризованы участвующие в реакции белки и сигнальные последовательности про-мРНК, направляющие реакцию, описан процесс сборки комплекса полиаденилирования, обсуждена связь между полиаденилированием и процессами транскрипции и сплайсинга, приведены примеры регуляции реакции образования 3'-концов мРНК.

Наведено дані про поліаденілювання про-мРНК різних категорій організмів. Розглянуто процеси утворення полі(А)-хвостів мРНК дріжджів, рослин, прокаріотів і вірусів. Запропоновано модель утворення комплексу розщеплення на сайті поліаденілювання про-мРНК дріжджів.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е326.222.18

Рубрики:

Coronaviridae. Коронавіруси

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Запропоновано та обгрунтовано нову структурну модель області димеризації геномної РНК вірусу імунодефіциту людини HIV - 1. Вона включає двохланцюгову частину, утворену шпильками DIS мономерів, і не менше, ніж дві міжмолекулярні чотирьохланцюгові частини. Модель узгоджено з наявними в літературі даними.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.711

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.11в744

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Предложена и обоснована гипотеза о том, что в стабилизацию одной из двух форм двуспирального поли(А) вносят вклад вертикальные водородные связи ...N6H...N6H..., образующиеся между атомами водорода и азота экзоциклических аминогрупп соседних оснований. Приведены литературные доказательства, свидетельствующие в ее пользу.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.711-3

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Проведено філогенетичне дослідження вторинної структури домену PBS, який відповідає за ініціацію оберненої транскрипції, для 941 ізоляту ВІЛ-1 субтипів B, C, D і F. Показано, що PBS-сигнал, три додаткових сайти зв'язування з праймером, а також два дуплекси, що впізнаються оберненою транскриптазою, є висококонсервативними для більшості ізолятів досліджених субтипів. Вперше виявлено особливості структури PBS-частини, шпильки U5 і нижньої частини домену PBS для ізолятів кожного з досліджених субтипів. Показано зокрема, що шпилька, яка містить PBS-сигнал, має різну довжину (11 - 24 нт) і стабільність (4 - 10 ккал/моль), що зумовлено в основному мутаціями в положеннях 85 і 86. Виявлено, що шпилька U5 має три основні форми, які відрізняються за структурою середньої частини шпильки та різним експонуванням додаткових сайтів зв'язування з праймером.

Уперше описано модель основного сигналу поліаденілування про-мРНК ВІЛ-1. Показано, що "нижній" елемент (DSE) полі(А)-сигналу розташований у апікальній петлі шпильки завдовжки 26 нт, яку названо шпилькою DSE. Адекватність моделі підтверджено передбаченням вторинної структури області, яка включає шпильки TAR, polyA і DSE, для 414 ізолятів ВІЛ-1 різних субтипів і рекомбінантних форм. Вперше наведено також моделі вторинної структури 3'-кінця 3'-нетрансльованої ділянки про-мРНК ВІЛ-1 для ізолятів різних субтипів. Припущено, що U5(U)-шпилька домену PBS поряд з участю у зворотній транскрипції геномної РНК ВІЛ-1 може також брати участь у процесі поліаденілування про-мРНК, забезпечуючи доступність DSE для білкового апарату поліаденілування під час транскрипції провірусної ДНК.

Проаналізовано новітню літературу стосовно координації процесів термінації транскрипції та поліаденілювання. Запропоновано модель спряження цих процесів, яка узагальнює існуючі уявлення. Ефективна термінація транскрипції здійснюється за одночасної взаємодії РНК полімерази (Пол II) сигнальним елементом ДНК (термінатором або енгансером) і з сайтом поліаденілювання транскрипта. Контакт Пол II з про-мРНК здійснюється за допомогою унікального C-кінцевого домену найбільшої субодиниці ферменту. З цим доменом асоційовані фактори розщеплення. Пол II є істотним кофактором реакції розщеплення. Механізм впливу цієї реакції на термінацію транскрипції невідомий, але вона супроводжується деградацією 3'-кінцевої частини транскрипта. Звільнення Пол II від РНК спричинює дестабілізацію асоціації ферменту з дволанцюговою частиною ДНК, розташованою безпосередньо за розплетеною ділянкою, що транскрибується. Це призводить до відокремлення Пол II від матриці.

Зазначено, що першою стадією реакції поліаденілування про-мРНК еукаріотів є специфічне розщеплення транскрипта, що здійснюється комплексом білків, складених з багатьох субодиниць. Основний компонент цієї реакції - ендонуклеазу - ще й досі не виявлено. Проте відомо, що поліпептиди CPSF-30 (ссавці) та Yth 1p (дріжджі) є гомологами білка clipper (CLP) дрозофіли, який має ендонуклеолітичну активність. Усі три білки містять у N-кінцевій частині п'ять висококонсервативних доменів - "цинкові пальці", з якими у випадку CLP пов'язана нуклеолітична активність. Проаналізовано літературні дані про вищезазначені білки. Доведено, що результати наведених робіт не суперечать гіпотезі про те, що саме CPSF-30 та його гомологи є тими нуклеазами, які розщеплюють про-мРНК у процесі поліаденілування.

Отмечено, что при протонировании одноцепочечной полиадениловой кислоты одновременно с образованием двух двухцепочечных форм полимера образуется и так называемая "замороженная" форма. Методом электрофореза показано, что количество ее возрастает с увеличением длины поли(А) и ионной силы раствора, то есть с увеличением гибкости полимерной цепи. Эти результаты свидетельствуют в пользу высказанного ранее предположения о способности поли(А) сворачиваться с образованием внутримолекулярных двухцепочечных спиралей. Десять лет тому назад выдвинута гипотеза, согласно которой внутримолекулярные дуплексы могут образовываться также в поли(А)-трактах клеточных РНК и участвовать в ряде биологических процессов. Анализ появившихся с тех пор данных литературы свидетельствует об адекватности гипотезы и показывает, что она не потеряла своей актуальности в настоящее время.