Проаналізовано проблему непередбачених ефектів, які можуть бути обумовлені генетичними модифікаціями рослин. Розглянуто фактори, що спричиняють виникнення непередбачених ефектів у генетично модифікованих рослинах, наслідки, які вони можуть спричинити, та можливість мінімізації їх шляхом застосування вдосконалених методів генної інженерії. Описано сучасні методичні підходи до аналізу непередбачених ефектів як етапу оцінки безпечності трансгенних рослин, зокрема методи молекулярного профілювання з використанням різних "-омік"-технологій.

Проаналізовано сучасні методи скринінгу та кількісного аналізу генетично модифікованих рослин, серед яких найпоширенішими є методи полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР), кількісної ПЛР реального часу та множинної ПЛР. Описано новітні аналітичні підходи до ідентифікування, детектування та кількісного визначення трансгенної ДНК в харчових продуктах та рослинній сировині. Увагу приділено методам, що дають змогу здійснювати визначення багатьох трансгенних ознак одночасно (технологія біосенсорів і метод мікроматриць).

У ряді публікацій описано використання сайт-специфічної рекомбіназної системи Cre/loxP під контролем тканиноспецифічних промоторів для одержання трансформантів, вільних від селективних маркерних генів (СМГ). Недоліком в даному випадку є створення специфічних умов для проведення трансформації або залучення додаткових агентів для ініціації експресії рекомбінази. Розроблено новий підхід до використання сайт-специфічної рекомбіназної системи Cre/loxP для одержання генетично модифікованих рослин, вільних від СМГ, і встановлено ефективність роботи рекомбінази Cre у наступному поколінні трансформованих рослин A. thaliana.

Описано одноетапне одержання трансформантів A.thaliana, вільних від маркерних послідовностей за допомогою розроблених декількох варіантів ДНК-конструкцій з сайт-специфічною рекомбіназною системою Cre/loxP. Агробактеріальну трансформацію рослинного матеріалу здійснено шляхом занурення квіток. Ефективність використання запропонованих векторних конструкцій з рекомбіназною системою Cre/loxP досліджували протягом трьох поколінь трансформантів арабідопсису за допомогою гістохімічного та молекулярно-генетичних методів. Як результат, встановлено, що з кожним наступним поколінням кількість ліній рослин, трансформованих тією чи іншою ДНК-конструкцією та вільних від маркерних послідовностей, зростає. Додатково здійснено статистичний аналіз прояву ефектів від використання обох досліджуваних варіантів ДНК-конструкцій та побудовано статистичну класифікаційну модель.