Проаналізовано методологічні особливості та запропоновано якісно нову методологію (динамічну, міждисциплінарну) щодо вирішення екологічних проблем. Акцентовано увагу на відсутності сформованості методологічних засад. Визначено, що постійна змінюваність об'єкта є однією з характерних особливостей складних комплексних екологічних проблем, для вирішення якої потрібно формування міждисциплінарних зв'язків у вигляді дослідницьких проектів на засадах кооперації та доповнюваності. Пропонується розмежовувати проектну та інституціональну форми організації досліджень з наданням пріоритету проектній. Динамічність розглядається у контексті ідеї моделювання експериментів Д. Кемпбелла як особливість міждисциплінарних зв'язків. Обгрунтовано вплив екологічної раціональності на формування екологістичного сприйняття довкілля.