Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*820*803(007)

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж24597 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Мета роботи - порівняти молекулярно-біологічні властивості українських ізолятів вірусу мозаїки сої (ВМС) із властивостями відомих закордонних ізолятів цього вірусу, а також прослідкувати їх можливе походження. Використано такі методи як механічна інокуляція, полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією, секвенування ДНК та філогенетичний аналіз. На селекційних ділянках у Вінницькій області відібрано та в подальшому очищено п'ять ізолятів ВМС. Показано, що всі досліджувані ізоляти ВМС проявляють однаковий спектр реакцій на 11 диференціюючих сортах сої. Філогенетичний аналіз нуклеотидних та відповідних амінокислотних послідовностей генів СР і Р1 продемонстрував високу філогенетичну спорідненість між репрезентативним українським (UA1Gr) та американським (VA2) ізолятами ВМС, які увійшли до одного кластера із штамом G2. Результати порівняння нуклеотидних послідовностей підтвердили припущення стосовно того, що різні ділянки геному ВМС перебувають під неоднаковим еволюційним тиском. Висновки: виділені в Україні ізоляти ВМС належать до штамової групи G2 і, ймовірно, походять з території Північної Америки. Одержані ізоляти ВМС актуально використовувати у вітчизняних селекційних програмах для створення вірусостійких сортів сої.

Мета роботи - виявлення українських ізолятів Y вірусу картоплі (PVY) у різних сортах картоплі і їх філогенетичний аналіз на основі нуклеотидних і амінокислотних послідовностей білка оболонки. Методи дослідження - ІФА, ЗТ-ПЛР, секвенування ДНК і філогенетичний аналіз. У зразках картоплі вітчизняної селекції за допомогою методу ІФА ідентифіковано PVY. Оптимізовано процес виділення РНК та розроблено тест-систему на базі ПЛР для діагностики українських ізолятів PVY. Секвеновано ділянку гена капсидного білка українського ізоляту та здійснено філогенетичний аналіз. Встановлено, що зазначений ген демонструє вищий ступінь гомології з генами капсидних білків рекомбінантних ізолятів (штамів) (98,8 - 99,8 % гомології для нуклеотидних і амінокислотних послідовностей). Український ізолят перебуває в окремому кластері разом з рекомбінантними ізолятами із Сирії, Ірану та Японії і має з ними спільне походження. В результаті роботи визначено засоби для точного моніторингу вірусу картоплі в агроекосистемах України. Філогенетичний аналіз продемонстрував рекомбінантну природу дослідженого ізоляту PVY, який раніше був приписаний до групи штамів О, субклади N:O.

Проведено обстеження в різних областях України 16 найшкодочинніших РНК-вмісних вірусів для порівняльної оцінки розповсюдження фітовірусних інфекцій залежно від конкретних характеристик регіону. Розроблено підходи для оцінки ймовірності сумісного ураження вірусами рослин. Показано кореляцію сумісного ураження вірусами з їх біологічними характеристиками.

Мета роботи - встановлення штамової належності українських ізолятів вірусу огіркової мозаїки (ВОМ) на основі філогенетичного аналізу фрагмента послідовності гена капсидного білка. В роботі застосовано методи: імуноферментний аналіз, полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією, сиквенування ДНК та філогенетичний аналіз. Встановлено, що ВОМ є широко розповсюдженим патогеном сільськогосподарських культур в Україні. Відібрано та проаналізовано зразки рослин з вірусоподібними симптомами представників родин Cucurbitaceae і Solanaceae. Виходячи з результатів візуальної та серологічної діагностики, 2 зразки Lycopersicon esculentum і Cucurbita pepo з Полтавської області було обрано для подальших молекулярних досліджень. Було ампліфіковано та сиквеновано часткові послідовності гена капсидного білка. Одержані послідовності кДНК гена капсидного білка цих ізолятів порівняно з опублікованими в Генбанку послідовностями штамів ВОМ різних підгруп. Найбільшу гомологію українських ізолятів продемонстровано зі штамами ВОМ підгрупи IB. Найбільш спорідненими до українських ізолятів виявилися штам ABI з Кореї та штам SD з Китаю. Висновки: спираючись на результати філогенетичного аналізу, можна стверджувати, що детектовані українські ізоляти вірусу огіркової мозаїки належать до групи IB. Одержані результаті є першим повідомленням про наявність ізолятів ВОМ підгрупи IB на території України.

Мета роботи - зробити філогенетичний аналіз генів гемаглютиніну (HA) і нейрамінідази (NA) вірусів грипу А (H3N2), що були поширені в Житомирській області під час епідемічного сезону 2013 - 2014 рр. і порівняти їх з тими, що циркулювали у світі. Лабораторну діагностику здійснювали за допомогою ПЛР у реальному часі (real-time RT-PCR). Проведено секвенування та філогенетичний аналіз. В епідемічному сезоні 2013 - 2014 рр. вперше було зроблено секвенування генів HA та NA вірусів грипу A (H3N2), виділених з клінічного матеріалу хворих з Житомирської області та у подальшому увійшли до бази даних вірусів грипу з усього світу (GISAID). Висновки: Житомирські ізоляти розташувались поряд з українським ізолятом з Харкова, а серед світових поряд з ізолятами з Німеччини, Румунії, Італії. У послідовностях генів гемаглютиніну було виявлено заміщення I214T. Виділені ізоляти в епідемічному сезоні 2013 - 2014 рр. мали високу генетичну спорідненість (99 %) до вірусів, що знаходяться в групі на філогенетичному дереві, тому що мають синонімічне заміщення. Житомирські ізоляти розташувались у домінуючій групі в світі 3С групи 3 генетичного кластеру A/Victoria/208 і були подібними до вакцинного штаму A/Texas/50/2012. У послідовностях генів нейрамінідази суттєвих заміщень виявлено не було. Житомирські ізоляти, як і багато українських та світових ізолятів виявились подібними до референс-штаму A/AthensGR/112/2012, ніж до більш нових референс-вірусів.

Мета роботи - встановити штамову належність українських ізолятів вірусу жовтої мозаїки цукіні та дослідити їх поширення на території України. У роботі було використано наступні методи: візуальну діагностику, імуноферментний аналіз, ЗТ-ПЛР, сиквенування та філогенетичний аналіз. Перевірено рослини родини Cucurbitaceae на наявність антигенів вірусу жовтої мозаїки цукіні (ВЖМЦ). Встановлено, що 41 % перевірених рослин родини Cucurbitaceae уражені вірусом жовтої мозаїки цукіні. Вірусінфіковані рослини були наявні в агроценозах Вінницької, Запорізької, Київської, Полтавської та Черкаської областей. У результаті проведення ЗТ-ПЛР було одержано продукти ампліфікації розміром 605 п.о., що відповідає за розміром ділянці геному, яка кодує Nib/CP вірусу жовтої мозаїки цукіні. За результатами даних сиквенсу побудувано філогенетичне дерево виділених ізолятів ZYMV. Висновки: ідентифікація інфікованих рослин у 5-ти із 9-ти обстежуваних агроценозів показала широке розповсюдження ZYMV в Україні. Топологія філогенетичного дерева показує, що ізоляти ZYMV формують 3 групи. Філогенетичне положення на дереві українських ізолятів ZYMV показує їх належність до групи А підгрупи 1. Ця група є найбільш чисельною та її представники мають широке географічне поширення. Ізоляти ZYMV, що циркулюють в Україні, виявилися близькоспоріднені між собою. Відсоток ідентичності між ними знаходиться в діапазоні від 99,7 до 100. Дані ізоляти ZYMV мають спільне походження з європейськими ізолятами з Австрії (AJ420017), Словенії (AJ420018), Сербії (HM072432), Угорщини (AJ459955), Словаччини (DQ124239). Відсоток ідентичності між українськими та європейськими ізолятами знаходиться в межах від 94,3 до 100.

Соя (Glycine max L.) є стратегічною зернобобовою культурою світового землеробства XXI ст., яка перебуває в центрі уваги світової аграрної науки і виробництва. Вірус мозаїки сої (ВМС) є збудником однієї з основних та найбільш шкодочинних вірусних хвороб, яка поширена в агроценозах усіх соєсіючих регіонів світу. Інфікування рослин сої ВМС призводить до значних втрат врожаю та спричиняє зниження якості насіння та життєздатності сходів. Дослідження вірусів сої в Україні було проведено виключно на Правобережній її частині. Однак, виявлення та можливого поширення і циркуляції цих вірусів за умов Лівобережного Лісостепу дотепер не проводилося. Мета роботи - провести діагностику та ідентифікацію вірусів, які уражують сою на території Лівобережної України, та дослідити деякі з їх властивостей. У роботі було застосовано методи: візуальну діагностику, трансмісійну електронну мікроскопію, імуноферментний аналіз, виділення тотальної РНК із рослинного матеріалу, полімеразну ланцюгову реакцію, сиквенування, філогенетичний аналіз. Досліджено 29 зразків рослин сої на території Лівобережного Лісостепу України (Полтавська, Сумська і Харківська обл.) на наявність вірусної інфекції. За допомогою методу ІФА встановлено, що 48 % зразків (13 зразків із Полтавської області та 1 - з Сумської) уражені вірусом мозаїки сої. Це перше повідомлення про ураження ВМС сої, вирощеної за умов Лівобережної України. Зважаючи на раніше представлені дані щодо циркуляції на території Правобережної частини країни змішаної інфекції цього вірусу із вірусом жовтої мозаїки квасолі (ВЖМК) та вірусом мозаїки люцерни (ВМЛ), досліджувані зразки було перевірено щодо наявності і цих збудників. Результати аналізу показали відсутність антигенів ВЖМК і ВМЛ. Встановлено, що досліджувані ізоляти ВМС відрізняються за розмірами віріонів від виділених раніше в Україні ізолятів вказаного збудника. Філогенетичний аналіз нуклеотидних послідовностей ділянки гена капсидного білка вірусу мозаїки сої виявив 100 % рівень філогенетичної спорідненості між репрезентативним українським ізолятом та китайськими, іранськими ізолятами, а також американським ізолятом 452 і польським ізолятом М, що свідчить про їх спільне походження.

Вірус інфекційної бурсальної хвороби (ІБХ) викликає висококонтагіозне захворювання курчат та поширений у всьому світі. Головним антигеном є білок VP2. Ген VP2 містить гіперваріабельний регіон, мутації в якому призводять до появи нових антигенних варіантів вірусу ІБХ. Для запобігання інфікуванню використовують вакцинацію, ефективність якої залежить від генетичної спорідненості вакцинних і польових штамів вірусу. Мета роботи - проаналізувати нуклеотидну послідовність різних вакцинних і польових штамів вірусу ІБХ, поширених в господарствах України. У дослідженні було використано 11 вакцинних та 16 польових штамів вірусу ІБХ. РНК виділяли за допомогою методу магнітної сорбції, здійснювали реакцію зворотної транскрипції та постановку ПЛР зі специфічними праймерами до гену VP2. Амплікони секвенували, нуклеотидну та амінокислотну послідовність аналізували за допомогою програми MEGA 6. 11 вакцинних штамів формували 5 кластерів. Кластер I містив штами GM97, 228E та MB/20. Кластер II був сформований м'якими штамами LC-75 та D78. Середні штами Winterfield-2512 та Lukert формували кластер III. "Гарячі" штами MB та MB/3 містились у кластері IV. Кластер V містив штами MB/5 та V877. Після включення 16 польових ізолятів, виявлених в Україні, структура дерева не змінилась. 8 з них групувалися разом з "гарячими", 5 - з середніми та 3 - з м'якими вакцинними штамами. Порівняння амінокислотних послідовностей підтвердило антигенну спорідненість штамів, що знаходились в одному кластері. Висновки" одержані результати можуть бути використані для підбору вакцин для профілактики ІБХ в кожному окремому господарстві України.

Мета роботи - провести філогенетичний аналіз українських ізолятів Cucumber mosaic virus з використанням неповних послідовностей декількох генів вірусу. У роботі було застосовано методи: імуноферментний аналіз, полімеразну ланцюгову реакцію зі зворотною транскрипцією, секвенування ДНК та філогенетичний аналіз. Зразки рослин із симптомами було відібрано з різних регіонів України та протестовано на наявність вірусу огіркової мозаїки (ВОМ). Одержано та проаналізовано нуклеотидні часткові послідовності генів капсидного білка, білків руху та білка 2b чотирьох ізолятів ВОМ. Показано, що ці ізоляти належать до підгруп IA та IB. Відсоток подібності українських ізолятів за нуклеотидними послідовностями генів капсидного білка, білка руху та білка 2b був високим у межах підгруп. Виявлено унікальні заміни у амінокислотних послідовностях білка 2b ізолятів CMV-Ukr-28 і CMV-Ukr-58, які не пов'язані з рослиною-хазяїном. Висновки: ізоляти ВОМ, які циркулюють в Україні та описані в роботі, належать до найбільш розповсюджених філогенетичних груп, які представлені і в інших європейських країнах. Одержані дані можуть вказувати на декілька окремих джерел проникнення ВОМ на територію України, а також на поточну мікроеволюцію ВОМ в Україні.

Цирковірус свиней 2 типу є надзвичайно розповсюдженим у всьому світі вірусом серед свиней за умов промислового вирощування. Ураження вірусом призводить до імуносупресивного стану тварин та високої смертності. З огляду на велику різноманітність штамів ЦВС-2 у світі, та відмінність між штамами, розповсюдженими в дикій природі та на фермах, необхідною є характеристика польових ізолятів, виявлених в Україні серед диких кабанів. Мета роботи - охарактеризувати та диференціювати ізоляти ЦВС-2, виділені від диких кабанів з різних регіонів України. У роботі було застосовано філогенентичний аналіз. Показано, що ізоляти з Чернігівської, Запорізької, Черкаської та Харківської областей належать до різних субгруп ЦВС-2 та мають різне походження. Крім того, встановлено досить високий рівень їх подібності з ізолятами з Хорватії та Бразилії. Водночас, показано подібність ізолятів, виділених від диких кабанів із Запорізької та Чернігівської областей з такими, що були виділені від свиней з промислових господарств. Висновки: високий рівень генетичного різноманіття було виявлено серед досліджених ізолятів ЦВС-2, виділених від диких кабанів України. Установлено факт подібності деяких ізолятів ЦВС-2 від диких кабанів з ізолятами від свиней з промислових ферм, свідчить про існуючий шлях передачі вірусу між розмежованими популяціями тварин і потребує подальших досліджень.

Мета дослідження - провести філогенетичний та молекулярно-генетичний аналіз генів HA вірусів грипу, що циркулювали на території України протягом епідемічного сезону 2016 - 2017 рр. та порівняти їх з тими, що циркулювали у світі. Зразки (назофаригіальні змиви від паціентів) було проаналізовано за допомогою методу полімеразної ланцюгової реакції в реальному часі (ЗТ- ПЛР). Філогенетичні дерева будували у програмі MEGA7. 3D структури будували у програмі Chimera 1.11.2rc. Українські ізоляти мали заміни в антигенних сайтах, що виникли у попердніх сезонах та епідемічному сезоні 2016 - 2017 рр. і не виявлялись раніше, які можуть мати вплив на антигенні властивості вірусу. Не дивлячись на це, віруси грипу A(H3N2) та B/Victoria зберегли подібність до вакцинних штамів. Для вірусів грипу A(H1N1)pdm09 було показано вищу подібність до вакцинного штаму, рекомендованого на епідемічний сезон 2017 - 2018 рр. Висновки: в епідемічному сезоні 2016 - 2017 рр. всі віруси грипу - A(H3N2), A(H1N1)pdm09 та B/Victoria набули значну кількість унікальних амінокислотних заміщень в гені гемаглютиніну. Результати цього дослідження підтверджують постійну генетичну мінливість циркулюючих вірусів сезонного грипу та необхідність постійного систематичного антигенного та молекулярного нагляду.

Мета роботи - встановлення генетичного різноманіття вірусу шарки сливи (ВШС) в Україні. У роботі застосовано методи: імуноферментний аналіз (ІФА), полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією (ЗТ-ПЛР), сиквенування ДНК та філогенетичний аналіз. Зразки було вибрано з різних регіонів України за візуальними симптомами та діагностовані за допомогою ІФА в модифікації "сендвіч". В подальшому за допомогою ЗТ-ПЛР було одержано та сиквеновано амплікони гена капсидного білку вірусу. Одержані послідовності аналізували за допомогою філогенетичних методів. В результаті вивчено генетичне різноманіття ВШС у різних регіонах України, встановлено філогенетичні зв'язки між українськими ізолятами та проведено їх порівняльну характеристику із ізолятами з сусідніх країн. Висновки: на території України циркулюють штами M та D вірусу шарки сливи. Вперше ВШС діагностували в Харківській області. Ізоляти PPV, щоциркулюють в Україні, найбільш подібні до ізолятів з Німеччини, Туреччини, Угорщини та Канади. Одержані результати можуть бути використані в подальшому для прогнозування поширення вірусу в різних регіонах України та сусідніх країнах, встановлення його походження та прогнозування розвитку можливих епідемій.