Цель работы - проведение филогенетического анализа генов нейраминидазы вирусов гриппа A(H3N2), выделенных к Украине в 2013 - 2014 сезоне. Использованы методы молекулярной генетики, филогении и математической статистики. Высокая (94 %) генетическая схожесть украинских изолятов, выделенных в эпидемический сезон в других странах, свидетельствует о стабильности вирусной популяции в Украине. Расположение украинских изолятов вирусов гриппа в трех различных кластерах свидетельствует о различных путях попадания вирусов на территорию Украины. Анализ последовательностей NA выявил в большинстве украинских изолятов новые замещения аминкислот в положениях Y155F, D251V, S315G. Ни один из исследованных изолятов вируса гриппа не имел в последовательности NA мутации E119D, с которой ассоциируют резистентность к осельтамивиру. Большинство случаев респираторных заболеваний человека вызваны вирусами. Поверхностные гликопротеины вируса гриппа являются высоко вариабельными, вследствие чего способны избегать воздействия иммунной системы хозяина. Исследование генетических изменений среди всех штаммов вирусов гриппа является важным для определения происхождения сегментов РНК вирусов гриппа A(H3N2) от одного или нескольких разных хозяев. Применение филогенетического анализа позволяет проводить мониторинг уровня и направления изменчивости вирусов гриппа практически в реальном времени. Более того, сравнение аминокислотных последовательностей делает возможным выявление начала новых замещений и наблюдать механизмы адаптации вируса к иммунной системе человека. Обычно для филогенетического анализа используют последовательности поверхностных антигенов - гемагглютинина (HA) и нейраминидазы (NA). Цель работы - провести филогенетический анализ последовательностей NA вирусов гриппа A(H3N2), выделенных в Украине в 2013 - 2014 сезоне.

Мета роботи - зробити філогенетичний аналіз генів гемаглютиніну (HA) і нейрамінідази (NA) вірусів грипу А (H3N2), що були поширені в Житомирській області під час епідемічного сезону 2013 - 2014 рр. і порівняти їх з тими, що циркулювали у світі. Лабораторну діагностику здійснювали за допомогою ПЛР у реальному часі (real-time RT-PCR). Проведено секвенування та філогенетичний аналіз. В епідемічному сезоні 2013 - 2014 рр. вперше було зроблено секвенування генів HA та NA вірусів грипу A (H3N2), виділених з клінічного матеріалу хворих з Житомирської області та у подальшому увійшли до бази даних вірусів грипу з усього світу (GISAID). Висновки: Житомирські ізоляти розташувались поряд з українським ізолятом з Харкова, а серед світових поряд з ізолятами з Німеччини, Румунії, Італії. У послідовностях генів гемаглютиніну було виявлено заміщення I214T. Виділені ізоляти в епідемічному сезоні 2013 - 2014 рр. мали високу генетичну спорідненість (99 %) до вірусів, що знаходяться в групі на філогенетичному дереві, тому що мають синонімічне заміщення. Житомирські ізоляти розташувались у домінуючій групі в світі 3С групи 3 генетичного кластеру A/Victoria/208 і були подібними до вакцинного штаму A/Texas/50/2012. У послідовностях генів нейрамінідази суттєвих заміщень виявлено не було. Житомирські ізоляти, як і багато українських та світових ізолятів виявились подібними до референс-штаму A/AthensGR/112/2012, ніж до більш нових референс-вірусів.

Мета роботи - молекулярний та філогенетичний аналіз пандемічних вірусів грипу A(H1N1), що циркулювали в Україні протягом сезону 2014 - 2015 рр. Зразки було проаналізовано за допомогою методу полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) в реальному часі. Філогенетичні дерева будували в програмі MEGA 6. Сиквенси українських ізолятів вірусів грипу A(H1N1)pdm були подібними до вакцинного штаму A/California/07/2009. Більшість штамів належали до кладу 6B. Серед досліджуваних ізолятів виявили мутацію H275Y в гені нейрамінідази, яка зумовлює стійкість до озельтамівіру. Висновки: базуючись на сиквенсах генів HA і NA вірусів грипу побудували філогенетичні дерева. Український вірус, виділений в сезоні 2014 - 2015 рр. мав специфічну мутацію, яку асоціюють з стійкістю до противірусних препаратів, таких як озельтамівір.

Мета дослідження - провести філогенетичний та молекулярно-генетичний аналіз генів HA вірусів грипу, що циркулювали на території України протягом епідемічного сезону 2016 - 2017 рр. та порівняти їх з тими, що циркулювали у світі. Зразки (назофаригіальні змиви від паціентів) було проаналізовано за допомогою методу полімеразної ланцюгової реакції в реальному часі (ЗТ- ПЛР). Філогенетичні дерева будували у програмі MEGA7. 3D структури будували у програмі Chimera 1.11.2rc. Українські ізоляти мали заміни в антигенних сайтах, що виникли у попердніх сезонах та епідемічному сезоні 2016 - 2017 рр. і не виявлялись раніше, які можуть мати вплив на антигенні властивості вірусу. Не дивлячись на це, віруси грипу A(H3N2) та B/Victoria зберегли подібність до вакцинних штамів. Для вірусів грипу A(H1N1)pdm09 було показано вищу подібність до вакцинного штаму, рекомендованого на епідемічний сезон 2017 - 2018 рр. Висновки: в епідемічному сезоні 2016 - 2017 рр. всі віруси грипу - A(H3N2), A(H1N1)pdm09 та B/Victoria набули значну кількість унікальних амінокислотних заміщень в гені гемаглютиніну. Результати цього дослідження підтверджують постійну генетичну мінливість циркулюючих вірусів сезонного грипу та необхідність постійного систематичного антигенного та молекулярного нагляду.