Індекс рубрикатора НБУВ: Е422.149.25*44

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е40*725.111.46 + Е422.249.9*72

Рубрики:

Загальна мікробіологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е422.149.25*725.111.46

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*440.44

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е422.151*440.224 + Е422.151*725.111.46

Рубрики:

Enterobacteriaceae

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*444*721

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.111.46

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж21341/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.22

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж21341/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е422.151.14 + Р264.921.2

Рубрики:

Enterobacter

Стрептококи

Шифр НБУВ: Ж21341/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.22

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж21341/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*440.4

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Мета роботи - вивчення структурних особливостей, що забезпечують селективність аміноацилюючого сайту лейцил-тРНК синтетази із Thermus thermophilus (LeuRSTT) по відношенню до амінокислот, і пояснення механізму зв'язування субстрату претрансферного редагування. Вісім амінокислот, запропонованих як субстрати аміноацилювання і вісім аміноациладенілатів (сформованих з АМФ і восьми амінокислот) було підготовлено у вигляді цвіттер-іонів. Кристалічну структуру білка із субстратом в аміноацилюючому сайті [PDBID:1OBH] було одержано із RCSB бази даних. Параметри докінгу й оцінка ефективності ліганду припускали дворазовий аналіз конформацій за допомогою пакету Gold CCDC. Моделювання молекулярної динаміки проводилось з використанням Gromacs. Процедури релаксації та детального дослідження було розподілено на 2 послідовних моделювання тривалістю 50 нс і 5 нс. Оцінку ефективності зв'язування 8-ми амінокислот було здійснено завдяки аналізу на основі 2-х оціночних функцій і було показано, що ліганди LeuRSTT за цими властивостями можна розташувати в наступному порядку: Leu > Nva > Hcy > Nle > Меt > Cys > Ile > Val. МД показала нижчі електростатичні взаємодії ізолейцину з активним сайтом ферменту у порівнянні з норваліном і лейцином. У випадку аміноациладенілатів суттєвих відмінностей не було знайдено. Молекулярна динаміка лейцил-, ізолейцил- і норваліладенілату показала, що найбільш стабільним і конформаційно вигідним субстратом є лейцин, а не норвалін і ізолейцин. Крім того, було виявлено, що TYR43 в активному сайті екранує карбоксильні групи лейцину і норваліну і відхиляється убік за присутності ізолейцину, дозволяючи молекулі води наблизитися. Висновки: в дослідженні виявлено деякі причини відбору субстратів залежно від форми, розміру і гнучкості радикала. Результати для різних амінокислот, одержані за допомогою молекулярного докінгу і МД, добре корелюють з експериментальними даними за першим етапом аміноацилювання. МД аміноациладенілатів показала, що складність в активації деяких амінокислот може бути викликана двома причинами: надмірною гнучкістю через розмір радикалу або структуру і швидким гідролізом проміжного субстрату під час нуклеофільної атаки молекулами води.

Мета роботи - параметризувати модифікований залишок в ланцюзі і використати одержану топологію для моделювання за допомогою методу молекулярної динаміки. Для розв'язання цієї проблеми було проведено серію ab initio і напівемпіричних розрахунків для одержання молекулярного електростатичного потенціалу (MEP). Програма для розрахунку - RESP (Restrained ElectroStatic Potential), яка застосовує одержаний розподіл MEP на молекулярні поверхні із використанням атомно-центрованої моделі точкових зарядів. Всі параметри були квантово-механічно розраховані і оброблені сервером R.E.D.III. Встановлено, що метод молекулярної динаміки має потенційні переваги, такі як можливість вивчати великі системи, і недоліки, такі як неможливість запуску без попередньо підготовленої топології для кожної молекули. У спробі знайти баланс між обома властивостями методу, швидкістю і точністю, та застосувати підхід в обчислювальному дослідженні було використано систему для вивчення функціонального механізму проліл-тРНК-синтетази у E. faecalis. Розроблено добре перевірений протокол підготовки топології для неканонічних структур. Висновки: обчислювальні підходи, такі як моделювання за методом молекулярної динаміки, є помітним конкурентом квантового моделювання. Тим не менш, необхідність включення нових структур, які не входять у бібліотеку GROMACS, пов'язана з неточністю в описі структурних параметрів. Прикладом такої ситуації є зростанюче використання різних типів модифікованих амінокислот та нуклеїнових кислот (похідні ДНК та РНК). Правильна параметризація молекул має вирішальне значення для фундаментальних досліджень з молекулярної біології, молекулярної біофізики тощо та інтерпретації обчислювальних досліджень, пов'язаних із пошуком нових лікарських засобів. Описано метод підготовки вхідних даних на прикладі системи проліл-тРНК-синтетази та є посилання на попередні роботи, в яких одержані результати добре співвідносяться iз експериментальними даними.

Мета роботи - для детального вивчення структурних і функціональних властивостей аланіл-тРНК-синтетази (АлаРС) було створено генно-інженерну конструкцію для експресії та очищення повнорозмірної синтетази та перевірено її активність у реакції аміноацилювання. Ген AlaS з T. thermophilus (штам HB27) геномної ДНК ампліфікували за допомогою ПЛР з відповідними праймерами та клонували у вектор з та без гістидинової послідовності. Для оптимізації умов експресії білка в E. coli та розробки ефективної процедури очищення було застосовано сучасні методи молекулярної біології. AлаРС очищали за допомогою методів афінної хроматографії та гель-фільтрації. Молекулярна маса ферменту визначалася на гель-фільтраційній колонці. Умови експресії та очистки рекомбінантної АлаРС було оптимізовано. Близько 1,5 мг чистого рекомбінантного активного ферменту можна одержати з 1 л бактеріальної культури. АлаРС з T. thermophilus є димером у розчині з експериментальною масою 204 кДа. Висновки: одержаний рекомбінантний фермент буде використовуватися для подальших експериментів з функціональної кінетики та структурних досліджень кристалічного комплексу з тРНК.