Індекс рубрикатора НБУВ: Е70*725.111.42-604.2

Рубрики:

Біологія людини

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

Індекс рубрикатора НБУВ: Р281.7/9

Рубрики:

Окремі групи лікарських речовин, засобів і препаратів

Шифр НБУВ: Ж21341/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

Успішність бактеріальної колонізації складних еконіш вимагає індивідуальної відповіді на зміни умов на мікрорівні так само як і кооперацію на рівні угруповання для продукції таких великомасштабних структур, як біоплівки. Координацію індивідуальних відповідей і відповідей угруповання може бути досягнуто шляхом зв'язування внутрішньоклітинних сенсорних і регуляторних систем, опосередкованих біс-(3',5')-циклічним димерним гуанозинмонофосфатом (c-di-GMP) та іншими сполуками індивідуумів із міжклітинною регуляцією - почуттям кворуму (ПК), що контролює популяцію. Нагромаджується все більше доказів того, що формування біоплівки багатьма псевдомонадами регулюється як внутрішньоклітинними, так і міжклітинними регуляторними системами, хоча в разі модельної Pseudomonas fluorescens SBW25 Wrinkly Spreader, у котрій мутації, що підвищують рівні c-di-GMP, призводять до створення міцної целюлозної біоплівки на кордоні розділу фаз повітря - рідина, не було виявлено ніякого свідоцтва залучення кворумзалежної регуляції. Проте недавній огляд авторів геному P. fluorescens SBW25 виявив потенційний ПК-залежний регуляторний шлях та інші ПК-залежні гени, пов'язані з гомеостазом c-di-GMP, а молекули ПК-сигналінгу було ідентифіковано в культурі. Ці дані свідчать про можливий зв'язок між c-di-GMP-регуляцією і ПК у P. fluorescens SBW25, що надає змогу проводити більш складний і гнучкий контроль продукції целюлози і утворення біоплівки за колонізації грунтів і еконіш, асоційованих з рослинами, - природними середовищами існування P. fluorescens SBW25.

Мета дослідження - пошук нових мішеней для дизайну антибіотиків проти метицилін-резистентного штаму S. aureus (MRSA) за допомогою методів розрахункової протеоміки. У роботі здійснено ідентифікацію негомологічних білків до людського протеому, визначення генів важливих для виживання MRSA та встановлення новизни знайдених мішеней проводили алгоритмами BLAST. За допомогою утиліт бази даних KEGG ідентифікували унікальні метаболічні шляхи бактерій. Клітинну локалізацію протеїнів передбачали програмами PSORT v. 3.0.2, CELLO v. 2.5, iLoc-Gpos, та Pred-Lipo. Гомологічне моделювання проводили веб-серверами SWISS-MODEL, Phyre2, I-TASSER та MODELLER. Початкову вибірку було сформовано з протеомів шести штамів MRSA: ATCC BAA-1680, H-EMRSA-15, LA MRSA ST398, MRSA 252, MRSA ST772, UTSW MRSA 55. Багатостадійний аналіз вибраних протеомів за допомогою алгоритму BLAST надав змогу ідентифікувати дві потенційні молекулярні мішені - диаденілатциклазу та білок DltB, що відповідають заданим вимогам: є важливими для виживання бактерії, є асоційованими з мембранами, не є гомологами людських білків, залучені до унікальних метаболічних шляхів і раніше не досліджувались як терапевтична мішень. Побудовано просторові структури знайдених протеїнів. Висновки: в результаті дослідження за методами лінійної біоінформатики запропоновано дві потенційні мішені - диаденілатциклазу та білок DltB, для подальшої розробки антибіотиків проти метицилін-резистентного штаму бактерії Staphylococcus aureus за допомогою методів раціонального пошуку лікарських засобів.