Работа «Библиотека и архив Московских Государей в XVI столетии» была написана в 1894 году, когда Лихачев являлся профессором Петербургского археологического института. Автор скрупулёзно анализирует все доступные зарубежные и отечественные известия о библиотеке Московских царей - от свидетельства Феофана Грека до сообщения профессора Дабелова о найденном каталоге утерянной библиотеки - и даёт оценку их исторической достоверности. Если Белокуров скептически относился к самой возможности существования «либерии», то Лихачев признаёт большинство сведений о царской библиотеке достоверными, но склоняется к мысли, что либерия погибла еще в XVI веке и вероятнее всего сгорела при пожаре 1571 года.