Проведено теоретичний аналіз поняття й основних методів протидії корупції в системі податкових відносин, уточнено класифікацію видів корупції. Проаналізовано сучасний стан і тенденції розвитку міжнародного та національного антикорупційного законодавства. Надано оцінку загального рівня корупції й особливостей її прояву в системі податкових відносин України. Обгрунтовано принципи побудови, сформовано та параметризовано економіко-математичну модель корупції в системі податкових відносин, що враховує особливості інституціонального середовища господарювання в Україні. Виходячи з результатів теоретичного аналізу й обчислювальних експериментів з використанням економіко-математичної моделі обгрунтовано рекомендації щодо вибору методів протидії корупції в системі податкових відносин і вдосконалення чинного законодавства.