Рассмотрены проблемы логики и методологии научного исследования. Отмечено, что хотя В.И. Вернадский хорошо был знаком с работами философов и методологов различных направлений, у него фактически по любому вопросу формировалось собственное мнение с соответсвующей аргументацией. Наряду с проблемами истинности и достоверности научного знания, логики и реальности, научной рациональности и эмпирического опыта, рассмотрением природы научного факта, аналогии, гипотезы, теории, В.И. Вернадский выдвигает и анализирует понятия структуры науки как целого, остова науки, научного аппарата, научных аксиом и принципов, которые наполнены оригинальным смыслом.