Проаналізовано сучасний стан та еволюційні тенденції розвитку української системи вищої освіти, її специфіку в порівнянні з закордонними системами й обгрунтовано загальносвітові тенденції розвитку системи вищого освіти. Виявлено специфіку функціонування, передумови та напрямки розвитку університетів в інноваційній економіці. Визначено напрямки трансформації університетів за умов інноваційного розвитку економіки та суспільства, що базується на знаннях. Запропоновано визначення поняття "інноваційний університетський комплекс" як перспективної форми інтеграції освітньої, наукової й інноваційної діяльності. Розроблено концептуальні підходи до формування внутрішньої структури освітньої підсистеми університетського комплексу. Обгрунтовано стратегічні напрямки інноваційного розвитку університетських комплексів з урахуванням особливостей організації української системи вищої освіти та загальносвітових тенденцій розвитку системи освіти.