С 18 августа 1920 — священник (рукоположен в Успенском соборе Киево-Печерской лавры). Первоначально служил в селе Красногорке под Киевом, а с 1921 — в бывшей домовой церкви при приюте святой Марии Магдалины в Киеве.14 октября 1937 о. Анатолий был арестован, когда находился на трудовом поселении в Медвежьегорском районе Карелии. Заключён в тюрьму Петрозаводска, где 20 ноября 1937 был приговорён к расстрелу «тройкой» при НКВД КАССР. 3 декабря был расстрелян на станции Медвежья гора (Сандармох). В 1955 было официально сообщено, что он якобы скончался 10 октября 1939 «от туберкулёза, осложнившегося воспалением легких».