Разработана теория формирования электронно-микроскопических изображений (ЭМИ) аморфных материалов и наносистем сложного химического состава с учетом как амплитудного, так и дифракционного вклада в контраст. Показано, что за формирование контраста ЭМИ таких объектов отвечают 3 составляющих рассеяния электронов в пределах апертурной диафрагмы объективной линзы: упругое некогерентное, упругое когерентное и неупругий фон. Вариации интенсивности ЭМИ за счет упругого некогерентного рассеяния определяются распределением атомной плотности, изменениями химического состава и отклонениями геометрической толщины локальных участков исследуемого образца. Вклад упругого когерентного рассеяния в контраст изображений обусловливается отличиями структурных факторов разных локальных участков, а вклад неупругого фона - отличиями интенсивности такого фона.