С использованием трехмерной нелинейной гидродинамической модели, описывающей турбулентное движение вязкой жидкости, дан анализ физических закономерностей свободных колебаний в акватории Азовского моря. Изучены зависимости изменения амплитуд колебаний уровня и выполнено их сравнение в прибрежных районах и центральной области моря. Исследован вид узловых линий и их трансформации с течением времени. Определены скорости возникающих при этом течений на различных глубинах моря.