Известно, что полирибоцитидиловая кислота (polyrC) существует в различных спиральных формах в зависимости от кислотности среды. При нейтральном pH polyrC принимает односпиральную форму, в кислой среде (рН 3,5 - 5,7) становится возможным образование мультицепочечных структур polyrC, при <$E roman рН~<<~3,5> polyrC существует в виде неупорядоченного клубка. В литературе ведется дискуссия относительно спиральной формы polyrC в интервале рН 3,5 - 5,7. Проведено молекулярно-динамическое моделирование односпиральной формы polyrC r(C10), дуплекса [r(C10)]2 и двух топологий <$E 3 prime roman E> и <$E 5 prime roman E> четырехспиральной формы (i-мотива) polyrC [r(C5)]4. Получены стабильные 5 нс траектории для <$E 3 prime roman E> и <$E 5 prime roman E> топологий четырехспиральной polyrC [r(C5)]4. Водородные связи между основаниями в <$E roman {C sup +~-~C}> парах i-мотива сохранялись в течение всей траектории. В желобках i-мотива обнаружены водородные связи и водные мостики, соединяющие цепи, относящиеся к разным дуплексам. Характерные для i-мотива СН - О водородные связи в малых желобках отсутствовали в течение большей части траектории. Исследованные модели двухспиральной

polyrC [r(C10)]2 оказались неустойчивыми и разрушились в процессе моделирования. Если polyrC и существует в виде дуплекса, то его структура существенно отличается от изученных моделей. Структура односпиральной polyrC r(C10) претерпела значительные изменения в процессе моделирования: среднеквадратическое отклонение относительно первого снимка траектории составило ~ 5 <$E roman A back 35 up 35 symbol Р>. Наблюдалось значительное нарушение стэкинга оснований. Возможно, к этому привело наличие большого числа внутримолекулярных водородных связей в структуре односпиральной polyrC в молекулярно-динамической траектории. В процессе моделирования были зафиксированы переходы сахаров из <$E roman C 3 prime>-endo в <$E roman C 2 prime>-endo конформацию. В случае четырехспиральной polyrC большая часть сахаров осталась в <$E roman C 3 prime>-endo и <$E roman C 4 prime>-exo конформациях, а в случае односпиральной polyrC большинство сахарных остатков перешли в нехарактерную для нее <$E roman C 2 prime>-endo конформацию.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1 в661.2

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж29137 Пошук видання у каталогах НБУВ 

---

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"