Молекулярний докінг є широко застосовуваним обчислювальним методом пошуку лігандів біомолекул, здатним до достатньо точного передбачення конформацій комплексів білок-ліганд. У той же час скоринговим функціям, що використовують для оцінки сили зв'язування, бракує точності. Мета дослідження - розробити обчислювально прості та швидкі алгоритми для вибору потенційних лігандів з комплексів, одержаних у результаті докінгу. Створено обчислювальні фільтри, засновані на геометричних співвідношеннях у комплексі білок-ліганд, ефективність яких перевірено крос-докінговим дослідженням із застосуванням кристалічних структур людських серинових протеаз тромбіна (F2) і фактора 10а (F10), а також двох відповідних наборів відомих селективних інгібіторів за допомогою програмного забезпечення QXP/Flo. Оцінено результати застосування фільтрів у термінах ROC-кривих зі змінними пороговими значеннями та показано їх ефективність. Проте жоден з фільтрів не перевершив за ефективністю вбудовану скорингову функцію Pi програми QXP/Flo. Тим не менш, використання фільтрів з оптимізованими пороговими значеннями у комбінації з Pi дозволило значно збільшити ефективність у порівнянні з застосуванням лише Pi. Висновки: розроблені геометричні фільтри можуть слугувати доповненням до традиційних скорингових функцій для оптимізації пошуку лігандів і зменшення залучення обчислювальних та людських ресурсів.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.111.3*011.5

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ 

---

Додаткова інформація про автора(ів) публікації:
(cписок формується автоматично, до списку можуть бути включені персоналії з подібними іменами або однофамільці)

• Платонов Микола Олексійович (біологічні науки)

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"