Мета роботи - виявити повне сімейство конформерів <$E alpha>- і <$E beta>-аномерних форм молекули 2-дезокси-D-рибофуранози і встановити, чи може ця молекула слугувати моделлю цукрового залишку ДНК. Конформації молекули описано за допомогою чотирьох торсійних кутів (<$E beta ,~gamma ,~epsilon ,~chi prime>) та кута псевдообертання фуранозного кільця Р. У 810 стартових геометріях для всіх аномерів кожен з кутів <$E beta ,~gamma ,~epsilon ,~chi prime> набував кожного із значень +60, -60 і 180<$E symbol Р>, а кут псевдообертання фуранозного кільця в цьому разі - кожного з 10 різних значень. Оптимізацію геометрії проведено за допомогою квантово-механічного методу функціонала густини (DFT) з використанням обмінно-кореляційного функціонала B3LYP і стандартного базисного набору 6-31G(d,p). Електронні енергії при оптимізованих геометріях розраховано методом МР2/6-311++G(d,p), а для енергетично найвигідніших конформерів <$E alpha>- і <$E beta>-аномерних форм - за методом MP2/cc-pVQZ. Ангармонійність власних коливань молекули описано в межах спектроскопічної теорії збурень другого порядку (РТ2). Одержано повні сімейства конформерів для двох аномерних форм молекули 2-дезокси-D-рибофуранози. Для <$E alpha>-аномера воно налічує 94 структури, для <$E beta>-аномера - 107. Визначено, що в газовій фазі у термодинамічно рівноважній суміші <$E alpha>- і <$E beta>-аномерів переважають представники <$E alpha>-сімейства у пропорції 82:18 %. У кожного з конформерів охарактеризовано ангармонійність його нормальних коливань. Висновки: встановлено присутність В- та АII-ДНК-подібних структур у конформаційних сімействах обох аномерів.

Показано, що врахування ангармонійності нормальних коливань може істотно змінювати коливальну складову енергії Гіббса молекули.

• Ніколаєнко Тимофій Юрійович (біологічні науки)
• Говорун Дмитро Миколайович (1950–2020) (біологічні науки)

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"