Ніколаєнко Т. Ю. Аналіз конформаційних можливостей молекули 2-дезокси-D-рибофуранози квантово-механічним методом функціонала густини / Т. Ю. Ніколаєнко, Л. А. Булавін, Д. М. Говорун // Biopolymers and Cell. - 2011. - 27, № 1. - С. 74-81. - Бібліогр.: 16 назв. - укp.Мета роботи - виявити повне сімейство конформерів <$E alpha>- і <$E beta>-аномерних форм молекули 2-дезокси-D-рибофуранози і встановити, чи може ця молекула слугувати моделлю цукрового залишку ДНК. Конформації молекули описано за допомогою чотирьох торсійних кутів (<$E beta ,~gamma ,~epsilon ,~chi prime>) та кута псевдообертання фуранозного кільця Р. У 810 стартових геометріях для всіх аномерів кожен з кутів <$E beta ,~gamma ,~epsilon ,~chi prime> набував кожного із значень +60, -60 і 180<$E symbol Р>, а кут псевдообертання фуранозного кільця в цьому разі - кожного з 10 різних значень. Оптимізацію геометрії проведено за допомогою квантово-механічного методу функціонала густини (DFT) з використанням обмінно-кореляційного функціонала B3LYP і стандартного базисного набору 6-31G(d,p). Електронні енергії при оптимізованих геометріях розраховано методом МР2/6-311++G(d,p), а для енергетично найвигідніших конформерів <$E alpha>- і <$E beta>-аномерних форм - за методом MP2/cc-pVQZ. Ангармонійність власних коливань молекули описано в межах спектроскопічної теорії збурень другого порядку (РТ2). Одержано повні сімейства конформерів для двох аномерних форм молекули 2-дезокси-D-рибофуранози. Для <$E alpha>-аномера воно налічує 94 структури, для <$E beta>-аномера - 107. Визначено, що в газовій фазі у термодинамічно рівноважній суміші <$E alpha>- і <$E beta>-аномерів переважають представники <$E alpha>-сімейства у пропорції 82:18 %. У кожного з конформерів охарактеризовано ангармонійність його нормальних коливань. Висновки: встановлено присутність В- та АII-ДНК-подібних структур у конформаційних сімействах обох аномерів. Показано, що врахування ангармонійності нормальних коливань може істотно змінювати коливальну складову енергії Гіббса молекули. Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.111.4*011.7
Рубрики:
Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ Додаткова інформація про автора(ів) публікації: (cписок формується автоматично, до списку можуть бути включені персоналії з подібними іменами або однофамільці) Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"
|