Zarudnaya М. I. Phylogenetic study on structural elements of HIV-1 poly(A) region. 2. USE domain and TAR hairpin / М. I. Zarudnaya, A. L. Potyahaylo, I. M. Kolomiets, D. M. Hovorun // Biopolymers and Cell. - 2014. - 30, № 1. - С. 29-36. - Бібліогр.: 28 назв. - англ.Мета роботи - проведення філогенетичного аналізу структурних елементів області полі(А) у про-мРНК ВІЛ-1, зокрема, основного "верхнього" елемента (USE), який стимулює поліаденілювання транскрипту BІЛ-1, і шпильки TAR, що просторово зближує сигнали AAUAAA і USE. Передбачення вторинної структури цих елементів здійснювали за допомогою програми UNAfold. Структуру домену USE і шпильки TAR проаналізовано для 1679 геномів ВІЛ-1 групи М та 17 геномів вірусу мавп SIVcpzPtt. У геномі ВІЛ-1 виявлено 376 і 588 різних послідовностей для домену USE і шпильки TAR відповідно, а також найчастіші мутації і мутації, специфічні для певного субтипу або країни. Лише 43 % усіх досліджених геномів ВІЛ-1 містять варіанти домену USE, які зустрічаються з частотою <$E symbol У~5> % (основні варіанти), і 35 % геномів включають основні варіанти TAR. Встановлено також, що домен USE і шпилька TAR з геному SIVcpzPtt дуже схожі на відповідні елементи з геному ВІЛ-1 A/G-вмісних субтипів. Висновки: результати широкомасштабних досліджень підтримують гіпотезу щодо взаємодії між <$E roman tRNA sub 3 sup Lys> та 3'-кінцем геномної РНК ВІЛ-1, а також спірну гіпотезу димеризації шпильки TAR через взаємодію паліндромів. Оскільки шпилька TAR є об'єктом антивірусної терапії, спрямованої на пригнічення сигнальних елементів, дані стосовно специфічних особливостей цієї шпильки можуть бути корисними для створення нових лікарських препаратів. Індекс рубрикатора НБУВ: Р264.919 + Е0*440.16
Рубрики:
Шифр НБУВ: Ж14252 Пошук видання у каталогах НБУВ
Повний текст Наукова періодика України Додаткова інформація про автора(ів) публікації: (cписок формується автоматично, до списку можуть бути включені персоналії з подібними іменами або однофамільці) ![](/irbis_nbuv/images/info.png) Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"
|