Мета роботи - проведення філогенетичного аналізу структурних елементів області полі(А) у про-мРНК ВІЛ-1, зокрема, основного "верхнього" елемента (USE), який стимулює поліаденілювання транскрипту BІЛ-1, і шпильки TAR, що просторово зближує сигнали AAUAAA і USE. Передбачення вторинної структури цих елементів здійснювали за допомогою програми UNAfold. Структуру домену USE і шпильки TAR проаналізовано для 1679 геномів ВІЛ-1 групи М та 17 геномів вірусу мавп SIVcpzPtt. У геномі ВІЛ-1 виявлено 376 і 588 різних послідовностей для домену USE і шпильки TAR відповідно, а також найчастіші мутації і мутації, специфічні для певного субтипу або країни. Лише 43 % усіх досліджених геномів ВІЛ-1 містять варіанти домену USE, які зустрічаються з частотою <$E symbol У~5> % (основні варіанти), і 35 % геномів включають основні варіанти TAR. Встановлено також, що домен USE і шпилька TAR з геному SIVcpzPtt дуже схожі на відповідні елементи з геному ВІЛ-1 A/G-вмісних субтипів. Висновки: результати широкомасштабних досліджень підтримують гіпотезу щодо взаємодії між <$E roman tRNA sub 3 sup Lys> та 3'-кінцем геномної РНК ВІЛ-1, а також спірну гіпотезу димеризації шпильки TAR через взаємодію паліндромів. Оскільки шпилька TAR є об'єктом антивірусної терапії, спрямованої на пригнічення сигнальних елементів, дані стосовно специфічних особливостей цієї шпильки можуть бути корисними для створення нових лікарських препаратів.

 Наукова періодика України 

---

Додаткова інформація про автора(ів) публікації:
(cписок формується автоматично, до списку можуть бути включені персоналії з подібними іменами або однофамільці)

• Говорун Дмитро Миколайович (1950–2020) (біологічні науки)

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"