За допомогою квантово-механічного методу функціонала густини на рівні теорії MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено повний конформаційний аналіз молекули 5'-дезоксиаденілової кислоти. Виявлено 726 її конформерів із відносними енергіями Гіббса від 0 до 12,1 ккал/моль за нормальних умов. Встановлено, що енергетично найвигіднішою є структура із "північною" (N) конформацією фуранозного кільця та syn-орієнтацією нуклеотидної основи, стабілізована внутрішньомолекулярними водневими зв'язками OP1HP1...N3 та O3'H...OP. Структура чотирьох із виявлених конформерів подібна до структури нуклеотидів ДНК у AI- і чотирьох - у BI-формі. Структура одного із одержаних конформерів 5'-дезоксиаденілової кислоти (з відносною енергією <$E DELTA G> = 5,4 ккал/моль) близька до відомої кристалічної структури гідрату натрієвої солі цієї молекули, встановленої за допомогою методів рентгеноструктурного аналізу. Показано, що найчутливішими до конформації молекули є заряди атомів C4' і C5'. Продемонстровано роль внутрішньомолекулярних водневих зв'язків типу OH...N у формуванні просторової структури молекули.

Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.711.1

Рубрики:

Загальна біологія

Шифр НБУВ: Ж21341/а Пошук видання у каталогах НБУВ 

---

Додаткова інформація про автора(ів) публікації:
(cписок формується автоматично, до списку можуть бути включені персоналії з подібними іменами або однофамільці)

• Ніколаєнко Тимофій Юрійович (біологічні науки)
• Говорун Дмитро Миколайович (1950–2020) (біологічні науки)

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"