Цільові та своєчасні інтервенції громадської охорони здоров'я залишаються найбільш ефективною стратегією для зниження ризику інфекційних захворювань та їх поширення серед уразливих груп населення. Повне секвенування всього генома (whole genome sequecing, WGS) надає змогу виміряти його мікробну еволюцію протягом тривалого часу в природному контексті інфекції та дослідити передачу інфекційних захворювань від пацієнта до пацієнта. Мета дослідження - проаналізувати сучасну літературу щодо геноміки бактеріальних інфекцій, що обгрунтовує методику та висновки визначення подій передачі бактеріальних захворювань, а також оцінити потенційний і доказовий вплив WGS бактерій на можливості контролю й епідеміологію інфекцій. Англомовну літературу з використання WGS для лабораторного нагляду за громадською охороною здоров'я, накопичену у NCBI PubMed (США) і опубліковану в період між 2007 і 2013 рр., було систематично розглянуто та проаналізовано. Нещодавній досвід секвенування бактеріальних патогенів переконливо свідчить про значні переваги WGS у порівнянні з традиційними методами, такими як Sanger-секвенування чи полімеразна ланцюгова реакція. Спостереження з використанням WGS надають змогу виявити непередбачувані фактори ризику для подальшої передачі інфекції та ідентифікувати суперпоширювачів. Вони також надають змогу оцінити вирогідність існування недіагностованих випадків інфекції, що діють як проміжні сполуки у ланцюгах передачі хвороби, та вирахувати потенційну спрямованість передачі інфекції з геномних послідовностей, одержаних від WGS бактерій, виділених від хворих, що пов'язані зі спалахами інфекційних хвороб. Переваги WGS - масштабованість, відносна простота виконання, потужніша продуктивність ДНК-полімерази і висока швидкість. Наявність WGS-аналізаторів, що малі за розміром та влаштовують діагностичні лабораторії, уможливила глобальну уніфікацію епідеміологічних і еволюційних підходів у боротьбі з епідемічними інфекціями. Філогеноміка, або вивчення спорідненості серед гомологічних геномних послідовностей, забезпечила основу, на якій гіпотези про еволюцію мікробних геномів у разі паразитизму та передачі інфекції можуть бути перевірені. Застосування молекулярних годинників, поінформованих завдяки філогенним моделям, надає змогу виявити найбільш ймовірного недавнього предка й оцінювати можливий час передачі інфекції від одного хворого до іншого. На підставі огляду літератури визначено пріоритетні прогалини в лабораторній інфраструктурі та забезпечення якості підготовки кадрів особливо важливим те, як WGS застосовують у державному санітарному нагляді і яким шляхом досягають стандартизації показників як секвентування генома. Ці показники передбачаюь стандарти для калібрування та перевірки якості порівняльного аналізу бактеріальних геномів, а також біоінформативної обробки даних. Таким чином, нагромаджений досвід засвідчив додану вартість WGS у лабораторній підтримці державного санітарного нагляду. Геномні зміни патогенів з епідемічним потенціалом надають змогу швидко реконструювати найбільш ймовірні шляхи передачі інфекцій і визначити точки докладання зусиль, спрямованих на обмеження поширення хвороб. Обмежені можливості лабораторій у біоінформатиці залишаються найбільшою перешкодою для реалізації WGS потенціалу у клінічній практиці та практиці суспільної охорони здоров'я та вимагають термінових інвестицій у діагностичну інфраструктуру.

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"