Liubysh O. O. Structurization of counterions around DNA double helix: a molecular dynamics study = Структурування протиіонів навколо подвійної спіралі ДНК: дослідження методом молекулярної динаміки / O. O. Liubysh, A. V. Vlasiuk, S. M. Perepelytsya // Укр. фіз. журн.. - 2015. - 60, № 5. - С. 434-443. - Бібліогр.: 55 назв. - англ.Структурування протиіонів навколо подвійної спіралі ДНК досліджено за допомогою методу молекулярної динаміки. Моделювання проводилося для додекамера ДНК d(CGCGAATTCGCG) з протиіонами лужних металів Na<^>+, К<^>+ та Cs<^>+ у водному середовищі. Розглядалися системи без надлишкової солі та з додаванням різних солей (NaCl, KCl або CsCl з концентрацією 0,5 М). Результати показали, що протиіони Ka<^>+ взаємодіють з фосфатними групами безпосередньо з зовнішньої сторони подвійної спіралі і через молекули води на поверхні мінорного жолоба ДНК. Іони калію локалізуються переважно в жолобах подвійної спіралі, а іони цезію проникають глибоко всередину мінорного жолоба, безпосередньо зв'язуючись з нуклеїновими основами. За рахунок електростатичного відштовхування іони хлору, зазвичай, знаходяться на великих відстанях від ДНК, проте деякі аніони Cl<^>- спостерігалися поблизу атомних груп подвійної спіралі, формуючи електрично нейтральні пари з протиіонами, які вже сконденсувалися на поліаніоні ДНК. В місцях зв'язування протиіонів з ДНК спостерігалися зміни локальної структури подвійної спіралі. Час життя Na<^>+ та K<^>+ менший за 0,5 нс, а у випадку іонів цезію може сягати декількох наносекунд. У цьому масштабі часу протиіони Cs<^>+ формують впорядковану систему зарядів в мінорному жолобі ДНК, яку можна розглядати як іонну гратку. Індекс рубрикатора НБУВ: Е0*725.112.1*011
Рубрики:
Шифр НБУВ: Ж26988 Пошук видання у каталогах НБУВ Повний текст Наукова періодика України Додаткова інформація про автора(ів) публікації: (cписок формується автоматично, до списку можуть бути включені персоналії з подібними іменами або однофамільці) Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"
|