Експресійна здатність кожного гена є унікальною у гетерологічного хазяїна. Відмінності між синонімічними послідовностями відіграють важливу роль у регуляції експресії протеїну в організмах від Escherichia coli до людини, і багато деталей цього процесу ще не з'ясовано. Мета дослідження - вивчити склад кодонів, його розподіл у послідовності та вплив рідкісних кодонів на експресію вірусних нуклеокапсидних протеїнів і їх фрагментів у гетерологичній системі E. coli. Для експресії протеїнів використовували плазмідний вектор pJC 40 і штам BL 21 (DE 3) E. coli. Аналіз складу кодонів виконано з використанням on-line ресурсу (www.biologicscorp.com). Одержано 10 рекомбінантних поліпептидів, що кодують повну нуклеотидну послідовність нуклеокапсидних протеїнів (віруси Західного Нілу і гепатиту C) та їх фрагменти, що містять антигенні детермінанти (вірус Ласса, Марбург, Ебола, Кримської-Конго геморагічної лихоманки (ККГЛ), Пуумала, Хантаан, Добрава-Белград і лімфоцитарного хоріоменінгіту (ЛХМ)). Гібридні плазмідні ДНК забезпечують ефективне продукування цих протеїнів у прокаріотичній системі з виходом рекомбінатного протеїну, що варіює у 8 разів: від 5 до 40 мг на 1 літр бактеріальної культури. Не виявлено кореляцію рівня експресії протеїну з частотою народження рідкісних кодонів у клонованій послідовності: максимальна частота народження рідкісних кодонів у клонованій послідовності спостерігалася для вірусу Західного Нілу (14,6 %), мінімальна - для вірусу ККГЛ (6,6 %), тимчасом як рівень експресії для цих протеїнів становив 30 і 5 мг/л культури відповідно. Значення індексу адаптації кодонів (CAI), розраховані на основі кодонового складу у E. coli, для клонованих вірусних послідовностей, знаходяться в діапазоні від 0,50 до 0,58, що відповідає середньоекспресованим протеїнам. Проведений аналіз профілів розподілу СAI у клонованих послідовностях свідчить про відсутність кластерів рідкісних кодонів, здатних створювати труднощі за трансляції. Статистично значущу відмінність між частотами розподілу амінокислот у клонованих послідовностях та їх змістом в E. coli спостерігали для нуклеокапсидних протеїнів вірусів Марбург, Ебола, Західного Нілу і гепатиту C.

 Наукова періодика України 

---

  Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"