Dolya B. A database of sequenced genomes of different Streptomyces albus J1074 strains and uses thereof = База секвенованих геномів різних штамів Streptomyces albus J1074 та її використання / B. Dolya, T. Busche, T. S. Jorgensen, K. Ochi, T. Gren, T. Weber, J. Kalinowski, A. Luzhetskyy, B. Ostash // Вісн. Львів. ун-ту. Сер. біол. - 2021. - Вип. 85. - С. 26-34. - Бібліогр.: 26 назв. - англ.Streptomyces albus J1074 - модельний об'єкт-шасі для дослідження різних аспектів біології актинобактерій, який, хоч і з'явився відносно недавно, широко застосовують і для дослідження наявних, і для відкриття нових природних сполук. Створено велику кількість генетичних знарядь, покликаних полегшити використання штаму для названих потреб. Одним із перспективних підходів є введення в геном J1074 мутацій, які покращили би його здатність продукувати антибіотики. Попередньо описано колекцію спонтанних і генно-інженерних мутантів J1074, які містять мутації в генах рибосомного білка S12, бета-субодиниці РНК-полімерази тощо. На основі цієї колекції створено власну базу даних, яка містить первинні та куровані дані геномних послідовностей спонтанних і генетично сконструйованих мутантів J1074. Основні переваги бази даних полягають у відомому родоводі штамів, що дає змогу поглиблено аналізувати й інтерпретувати отримані дані. Наприклад, ведуться жваві та досі не завершені дискусії щодо походження і впливу ГЦ складу в актинобактерій. Краще розуміння цього питання покращить наші знання про еволюцію геномів у бактерій, а також, як наслідок, матиме низку практичних застосувань у біотехнології. Використано набір даних Streptomyces albus J1074 як експериментальну модель для виявлення загальногеномного спектру мутацій, котрі, як бачимо, зміщені у бік підвищеного ГЦ вмісту. Для порівняння включили до бази і високоякісні геноми інших стрептоміцетів. ГЦ відсоток у геномах стрептоміцетів коливається від 75 до 66,5 %, зі середнім значенням 72 %. Вміст ГЦ у генах вторинного метаболізму S. coelicolor менш мінливий порівняно з генами первинного метаболізму, що може свідчити про різний тиск добору на ці групи генів. Поряд зі селективними обмеженнями, особливості системи репарації ДНК у Streptomyces можуть сприяти зміщенню ГЦ вмісту в їхніх геномах. Подальше використання бази даних може забезпечити розвиток більш точних знань про швидкість появи мутацій, а також про популяційні генетичні процеси у межах цього виду та роду загалом.
Шифр НБУВ: Ж28852:Б. Пошук видання у каталогах НБУВ
Якщо, ви не знайшли інформацію про автора(ів) публікації, маєте бажання виправити або відобразити більш докладну інформацію про науковців України запрошуємо заповнити "Анкету науковця"
|